Tampereen Puutarhaseura ry perustettiin lokakuussa 1896, samoihin aikoihin perustettiin myös Jyväskylän Puutarhaseura. Tätä ennen puutarhayhdistyksiä oli perustettu vain Helsinkiin, Turkuun ja Viipuriin. Näin sai alkunsa puutarhaviljelijöiden yhteistoiminta. Säännöissä mainittiin jäseniksi otettavan “johtokunnan hyväksymiä sekä ammattilaisia että puutarhaviljelyksen harrastajia”. Puutarhaharrastus oli tuolloin varsin vähäistä kansan keskuudessa. Seura toimi vuosikymmenien ajan lähinnä ammattilaisten tärkeänä yhdyssiteenä. Tuolloin kokoonnuttiin kuukausittain ja järjestettiin näyttelyitä. Alkuvaiheiden merkittävä saavutus oli Suomen ensimmäisen puutarha-alan ammattilehden perustaminen. Se alkoi ilmestyä jo vuoden 1898 alusta ja jatkui seuran kustantamana 28 vuotta. Tampereen Puutarhaseuran toiminta monipuolistui, kun siihen perustettiin nais- ja nuorisojaostot 50- ja 60-luvuilla. Harrastajajaosto perustettiin 1994.
Tampereen Puutarhaseurasta on kirjoitettu historiikit sekä 50-vuotisjuhlavuonna 1946 että 100-vuotisjuhlavuonna 1996. Läpi historian jatkunut näyttelyiden järjestäminen on ollut seuran toiminnan tärkeä osa. Paikallisten näyttelyiden sijaan ovat tulleet valtakunnalliset messutapahtumat, kuten Tampereen Puutarhamessut, joiden yleiskoristelusta Puutarhaseura vastasi monta vuotta. Messuilla seura on ollut mukana myös omalla osastolla antamassa puutarhaneuvontaa ja seuran jäsenet ovat olleet luennoimassa puutarhanhoidosta, -rakentamisesta sekä suunnittelusta. Puutarhaseura on ollut aktiivisesti mukana myös muissa paikallisissa tapahtumissa antamassa puutarhaneuvontaa. Seuran jäsenet ovat osallistuneet Puutarhaliiton toimintaan sekä olleet yhteistyössä muiden Puutarhaliiton paikallisyhdistysten kanssa. Yhteistyötä on tehty myös muiden yhdistysten kanssa.
Tampereen Puutarhaseura ry on yksi Suomen vanhimmista edelleen toimivista puutarhaseuroista.